תלמידי מכלול זכאים להעשיר את רוחם בלימוד תורה פורה ומעניין במסגרת בית המדרש העומד במרכז מוסדות "מכלול".

בראש ביהמ"ד עומדים רבני ישובים ור"מים הלומדים בצוותא עם התלמידים בדרך לימוד המחבבת את התורה אל לומדיה.

תכנית הלימוד מותאמת במיוחד לבוגרים החפצים להכין עצמם לחיים בחברה הקיימת במדינת ישראל, מתוך גאווה בקיום תורה ומצוות מחד, ומתוך רצון להסביר ולהפיץ את דבר ה' בכל התחומים, מאידך.

הלימוד כולל גמרא והלכה תוך התמחות במשפט עברי ובנושאים אקטואליים - תנ"ך, אמונה, ספרות חז"ל ועוד.